Ultrazvučni mjerači protoka imaju mnogo vrsta prema različitim principima mjerenja, koji se mogu grubo podijeliti u sljedeće kategorije:
1. Metoda brzine širenja (metoda vremenske razlike, metoda fazne razlike i metoda frekventne razlike);
2. Doplerova metoda;
3. Metoda korelacije;
4. Metoda pomaka zraka, itd.;
Ali najčešće korištene metode mjerenja su uglavnom dvije vrste: metoda vremenske razlike i metoda Doplerovog efekta. U isto vrijeme, prema upotrebi različitih ultrazvučnih mjerača protoka, može se podijeliti na fiksni ultrazvučni mjerač protoka i prijenosni ultrazvučni mjerač protoka.